നെയ്യാറ്റിൻകരയിലെ സമാധി വിവാദങ്ങൾക്കിടയിൽ ഗോപൻ്റെ ശരീരം സംസ്കരിച്ചു. പൊളിച്ച സമാധി തറയ്ക്ക് പകരം പുതിയ സമാധിത്തറ കുടുംബം ഒരുക്കിയിരുന്നു. ഇവിടെയായിരുന്നു സംസ്കാരം. ചടങ്ങിൽ സന്യാസിമാരുൾപ്പടെ പങ്കെടുത്തു. സമാധിത്തറ തീർത്ഥാടന കേന്ദ്രമാക്കി മാറ്റുമെന്ന് ഗോപന്റെ മകൻ സനന്ദൻ അറിയിച്ചു. പോസ്റ്റ്മോർട്ടം പൂർത്തിയായ ഗോപന്റെ മൃതദേഹം നാമജപ ഘോഷയാത്രയോടെ ആറാലുംമൂട്ടിലെ വീട്ടിലെത്തിച്ച ശേഷമായിരുന്നു സംസ്കാരം.
വിവിധ മഠങ്ങളിൽ നിന്നുളള സന്യാസിമാർ സംസ്കാര ചടങ്ങുകൾക്ക് നേതൃത്വം നൽകി. അതേസമയം സമാധി കേസിൽ താൻ നടത്തിയ മുസ്ലിം വിരുദ്ധ പരാമർശത്തിൽ മാപ്പ് പറഞ്ഞ് ഗോപന്റെ മകൻ സനന്ദൻ രംഗത്തെത്തിയിരുന്നു. പരാതിക്ക് പിന്നിൽ മുസ്ലിം തീവ്രവാദികൾ എന്ന് വല്ലതും പറഞ്ഞിട്ടുണ്ടെങ്കിൽ മാപ്പ് പറയുന്നുവെന്നും അപ്പോഴത്തെ ഒരു മനഃസ്ഥിതിയിൽ പറഞ്ഞതാണെന്നും സനന്ദൻ വിശദീകരിച്ചു.