മകന്‍ ഡോക്ടര്‍ ആയി കാണണം എന്ന അച്ഛന്‍ കരുണാകരന്റെ ആഗ്രഹത്തെ മറികടന്നാണ് ഷാജി എന്‍ കരുണ്‍ പൂനെ ഫിലിം ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടില്‍ പ്രവേശനത്തിന് അപേക്ഷിച്ചത്. ഫിലിം ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടില്‍ ചേര്‍ന്ന് സിനിമാറ്റോഗ്രാഫി പഠിക്കണമെന്ന ആഗ്രഹത്തോടെയാണ് വെള്ളയമ്പലത്തുള്ള ചിത്രലേഖയുടെ ഓഫീസിലേക്ക് മാനേജര്‍ മുകുന്ദനൊപ്പം ഷാജി അടൂര്‍ ഗോപാലാകൃഷ്ണനെ കാണാന്‍ എത്തിയിരുന്നു.
ഫോട്ടോഗ്രഫിയില്‍ താല്‍പര്യം കാണിച്ച ചെറുപ്പക്കാരനോട് പ്രത്യേക അടുപ്പവും മതിപ്പും തോന്നിയ അടൂര്‍ ഗോപാലകൃഷ്ണന്‍ അന്ന് പ്രസിദ്ധീകരിച്ച ചിത്രലേഖാ ഫിലിം സുവനീറിന്റെ ഒരു കോപ്പി കൈയില്‍ക്കൊടുത്തിട്ട്, ഇത് മനസിരുത്തി വായിച്ചാല്‍ ഏത് ചോദ്യത്തിനും ഉത്തരമെഴുതാം എന്ന് പറഞ്ഞു. പൂനെ ഫിലിം ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടില്‍ സംവിധായകന് അടുപ്പവും ബഹുമാനവുമുള്ള അധ്യാപകരെ ഏല്‍പ്പിക്കാനുള്ള കത്തും നല്‍കി. ഏതാനും നാളുകള്‍ക്ക് ശേഷം അടൂരിന് ഷാജിയുടെ എഴുത്തും വന്നു, ‘എനിക്കിവിടെ അഡ്മിഷന്‍ കിട്ടി. സന്തോഷം. നന്ദി’ എന്ന് പറഞ്ഞു.
1971ല്‍ പൂനെ ഫിലിം ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടില്‍ പ്രവേശനം ലഭിച്ച എട്ട് പേരില്‍ ഒരാളായിരുന്നു ഷാജി എന്‍ കരുണ്‍. എന്തിനാണ് ഇവിടെ പഠിക്കാന്‍ വന്നതെന്ന് വിഖ്യാത സംവിധായകന് മൃണാള്‍സെന്‍ അഭിമുഖത്തിനവിടെ ചോദിച്ചപ്പോള്‍, എംബിബിഎസിന് പ്രവേശനം കിട്ടിയത് ഉപേക്ഷിച്ചാണ് വന്നത് എന്നായിരുന്നു ഷാജിയുടെ മറുപടി. ഫിലിം ഇന്‍സ്റ്റിറ്റ്യൂട്ടില്‍ നിന്നും ഒന്നാം റാങ്ക് വാങ്ങിയാണ് ഷാജി പഠിച്ചിറങ്ങിയത്.
‘ജെനസിസ്’ എന്ന ഡിപ്ലോമ ചിത്രത്തിനാണ് അദ്ദേഹം ആദ്യമായി ഛായാഗ്രഹണം നിര്‍വഹിച്ചത്. ഇതിന് നിരവധി അവാര്‍ഡുകളും നേടി. പിന്നീട് ജി അരവിന്ദന്‍ അടക്കമുള്ള സംവിധായകരുടെ സിനിമകളില്‍ ഛായാഗ്രാഹകനായി. ‘പിറവി’ എന്ന ആദ്യ സിനിമയിലൂടെ നിരവധി അംഗീകാരങ്ങള്‍ അദ്ദേഹം വാരിക്കൂട്ടി. കാന്‍ ഫെസ്റ്റിവലില്‍ അടക്കം അംഗീകാരങ്ങള്‍ നേടിയ പിറവിക്ക് ചാര്‍ലി ചാപ്ലിന്‍ അവാര്‍ഡ് അടക്കം ഇരുപത്തഞ്ചോളം പുരസ്‌കാരങ്ങള്‍ ലഭിച്ചു. മികച്ച സംവിധായകനുള്ള ദേശീയ അവാര്‍ഡ് അടക്കം പിറവി നേടി.
ഷാജി എന്‍ കരുണിന്റെ സംവിധാനത്തില്‍ എത്തിയ സിനിമകളില്‍ കൂടുതല്‍ ചര്‍ച്ചയായത് ‘പിറവി’യും ‘വാനപ്രസ്ഥ’വുമാണ്. ‘സ്വം’, ‘കുട്ടിസ്രാങ്ക്’, ‘സ്വപാനം’, ‘ഓള്’ എന്നീ ചിത്രങ്ങളും അവാര്‍ഡുകള്‍ നേടിയിട്ടുണ്ട്. പിറവി മാത്രമല്ല, സ്വം, വാനപ്രസ്ഥം എന്നീ സിനിമകളും തുടര്‍ച്ചയായി കാന്‍ ഫിലിം ഫെസ്റ്റിവലില്‍ പ്രദര്‍ശിപ്പിക്കപ്പെട്ടിട്ടുണ്ട്. വാനപ്രസ്ഥവും കുട്ടിസ്രാങ്കും മികച്ച സിനിമയ്ക്കുള്ള ദേശീയ അംഗീകാരം നേടിയിട്ടുണ്ട്.
2011ല്‍ രാജ്യം പത്മശ്രീ നല്‍കി ആദരിച്ചിട്ടുണ്ട്. മലയാള ചലച്ചിത്രമേഖലയിലെ ആയുഷ്‌കാല സംഭാവനയ്ക്കുള്ള 2023ലെ ജെസി ഡാനിയേല്‍ പുരസ്‌കാരവും ലഭിച്ചിട്ടുണ്ട്. ഏഴ് തവണ വീതം ദേശീയ, സംസ്ഥാന പുരസ്‌കാരങ്ങള്‍ നേടിയിട്ടുണ്ട്. കലാ സാംസ്‌കാരിക സംഭാവനകള്‍ക്കുള്ള ഫ്രഞ്ച് സര്‍ക്കാരിന്റെ ‘ദി ഓര്‍ഡര്‍ ഓഫ് ആര്‍ട്‌സ് ആന്‍ഡ് ലെറ്റേഴ്സ്’ ബഹുമതിക്കും അര്‍ഹനായിട്ടുണ്ട്.