നാറാത്ത് കേസ് അന്വേഷിച്ച ഡിവൈഎസ്പി സുകുമാരൻ ബിജെപിയിൽ ചേർന്നു. കേസിൽ യുഎപിഎ ചുമത്തിയതിൻ്റെ കാരണങ്ങളെക്കുറിച്ചുള്ള ചോദ്യങ്ങൾക്കിടയിലാണ് മദ്രസ സിലബസിനെക്കുറിച്ച് എൻസിഎച്ച്ആർഒയുടെ വസ്തുതാന്വേഷണ സംഘത്തിനെതിരെ വിവാദ പരാമർശം നടത്തുന്നത്. മുസ്ലീങ്ങളുടെ മനോഭാവമാണ് യുഎപിഎ ചുമത്താൻ കാരണമെന്നും മദ്രസ സിലബസ് പരിഷ്കരിക്കണമെന്നുമായിരുന്നു പരാമർശം. മുൻ സംസ്ഥാന അധ്യക്ഷൻ കുമ്മനം രാജശേഖരനിൽ നിന്ന് കണ്ണൂരിലെ ബിജെപി ഓഫീസിൽ വെച്ചാണ് ഡിവൈഎസ്പി പിപി സുകുമാരന് ബിജെപി അംഗത്വം സ്വീകരിച്ചത്. യുഡിഎഫ് ഭരണകാലത്ത് തിരുവഞ്ചൂർ രാധാകൃഷ്ണൻ ആഭ്യന്തരമന്ത്രിയായിരിക്കെ യുഎപിഎ ചുമത്തിയ നാറാത്ത് കേസിൻ്റെ അന്വേഷണത്തിനിടെ പി സുകുമാരൻ നടത്തിയ നിരവധി പരാമർശങ്ങളും ഇടപെടലുകളും വിവാദമായിരുന്നു.
മാധ്യമപ്രവർത്തകർക്ക് മുന്നിലും മനുഷ്യാവകാശ പ്രവർത്തകരുടെ വസ്തുതാന്വേഷണ സംഘത്തിന് മുമ്പിലും മദ്രസകളെക്കുറിച്ച് നടത്തിയ പരാമർശങ്ങൾ തികച്ചും മുസ്ലീം വിരുദ്ധമായിരുന്നു. അരിയിൽ ഷുക്കൂർ വധക്കേസിൽ ചോദ്യം ചെയ്യാൻ വിളിപ്പിച്ച സി.പി.എം പ്രവർത്തകൻ്റെ മലദ്വാരത്തിൽ കമ്പി കയറ്റിയെന്ന ഗുരുതര ആരോപണം അന്നത്തെ സി.പി.എം നേതാക്കൾ ഉന്നയിച്ചിരുന്നു. സിപിഎം അധികാരത്തിൽ വന്ന് മാസങ്ങൾക്കുള്ളിൽ പി സുകുമാരനെ സ്ഥലം മാറ്റി. നാറാത്ത് കേസിൽ ആയുധപരിശീലന ക്യാമ്പ് ആയുധപരിശീലന പരിപാടിയാക്കി മാറ്റിയതും 21 യുവാക്കൾക്ക് എട്ട് വർഷം വരെ തടവ് അനുഭവിക്കേണ്ടി വന്നതും പി സുകുമാരൻ ഉൾപ്പെടെയുള്ള ഉദ്യോഗസ്ഥരുടെ ഇടപെടൽ മൂലമാണ്.
2013 ഏപ്രിൽ 23നായിരുന്നു കേസിനാസ്പദമായ സംഭവം. ജനവാസകേന്ദ്രമായ നാറാത്ത് ഫലാഹ് ഇംഗ്ലീഷ് മീഡിയം ഹൈസ്കൂളിന് സമീപത്തെ തണൽ ചാരിറ്റബിൾ ട്രസ്റ്റിൻ്റെ നിർമാണത്തിലിരിക്കുന്ന കെട്ടിടത്തിൽ നിന്ന് പകൽ വെളിച്ചത്തിൽ യോഗാ പരിശീലനം നടത്തിയ പോപ്പുലർ ഫ്രണ്ട് പ്രവർത്തകരായ 21 പേരെ മയ്യിൽ പൊലീസ് കസ്റ്റഡിയിലെടുത്തിരുന്നു. അന്നത്തെ കണ്ണൂർ എസ്പി യതീഷ് ചന്ദ്ര, ഡിവൈഎസ് പി പി സുകുമാരൻ എന്നിവരുടെ നേതൃത്വത്തിലായിരുന്നു അന്വേഷണം. ആഭ്യന്തര വകുപ്പിൻ്റെയും പോലീസിൻ്റെയും നിർദേശപ്രകാരമാണ് യുഎപിഎ ചുമത്തിയത്.
പിന്നീട് കേസ് ദേശീയ അന്വേഷണ ഏജൻസി (എൻഐഎ) ഏറ്റെടുത്തു. വർഷങ്ങൾക്ക് ശേഷം ഐഎൻഐ കോടതി ഒന്നാം പ്രതിക്ക് ഏഴ് വർഷവും മറ്റുള്ളവർക്ക് യുഎപിഎ പ്രകാരം അഞ്ച് വർഷവും ശിക്ഷ വിധിച്ചു. പിന്നീട്, ഹൈക്കോടതി ഡിവിഷൻ ബെഞ്ച് യുഎപിഎ, മതസ്പർദ്ധ വളർത്തൽ, ദേശവിരുദ്ധ പ്രവർത്തനങ്ങൾ എന്നിവ റദ്ദാക്കുകയും എല്ലാവരുടെയും ശിക്ഷ ആറുവർഷമായി നിജപ്പെടുത്തുകയും ചെയ്തു. യുവാക്കളെല്ലാം ശിക്ഷ പൂർത്തിയാക്കി പുറത്തിറങ്ങി.